《辦法》明確規定，縣級以上地方人民政府環境保護行政主管部門負責本行政區域內污水集中處理設施環境保護監督管理工作。
《辦法》針對一些排污單位擅自將工業廢水接入城鎮污水集中處理設施、部分污水集中處理設施接納不符合接管要求的廢水和污泥處置不規范等問題，逐一提出了監管要求。
《辦法》強調工業廢水集中處理設施的環境影響評價文件應當明確可以接納水污染物的濃度限值；向工業廢水集中處理設施排放水污染物，應當符合濃度限值；超過濃度限值的，應當經過預處理，符合要求后方可接入。
《辦法》還對長期不正常運行、超標排放、整改不力的污水集中處理設施，賦予了環境保護行政主管部門、監察機關實施掛牌督辦、進行責任追究的職責。
